Hola.
Usa RevoUninstaller desde el modo seguro de windows…
Para desinstalar cualquier programa NO solo se deben eliminar las carpetas de forma manual, esa manera de hacerlo es totalmente incorrecta, .
SI desde Windows NO se deja o NO se puede por la razón que sea, lo que se debe usar son programas alternativos que realizan la desinstalación TOTAL del programa, como puede ser RevoUninstaller.
Que despues de usar RevoUninstaller te puedan quedar o aparecer alguna entrada o resto de Malwarebytes o de cualquier otro antivirus es algo normal, basicamente por ser los antivirus “programas” bastante “rebeldes” en sus procesos de desinstalación.
Por eso la gran mayoría de fabricantes de antivirus disponen-proporcionan herramientas específicas para poder realizar la desinstalación “completa” de ese tipo de programas, por aqui te dejo una pagina nuestra con la recopilación de los más usuales :
Herramientas de desinstalación de Antivirus, AntiSpyware y Firewall
En él encontrarás dos programas específicos para Malwarebytes, usa los dos, uno a uno, y después de usar cada uno de ellos REINICIA.
Despues entras en modo seguro de windows de nuevo y vuelves a usar RevoUninstaller para seguir desinstalando todo aquel programa que encuentres y quieras eliminar.
Saludos.