Hola @Ranzu.
Lo primero que puedes hacer es descargarte la version completa(que NO necesita conexión) de Malwarebytes 
Instalador Fuera de Linea de Malwarebytes., en otro equipo y trasladarlo al que tiene el problema.
Una vez que lo copies en tu escritorio lo instalas y luego lo ejecutas haciendo un análisis completo del sistema, cuando termines nos pones el informe.
Para que veas como funciona aquí te dejo su manual Manual de Malwarebytes Anti-Malware
Y nos comentas como sigue el problema despues de REINICIAR el equipo. 
Saludos.