Hola @Pablo buenos días amigo 
Entonces, si ya no me aparece nada ni por el Disco raiz, ni en el Regedit y la actualización que corre está libre de Flash ¿puedo decir que ya no hay rastro alguno de Flash en mi equipo?..
¡¡Buenísima pregunta amigo !!! 
… porque esto me llevó a abrir un hilo en este foro.
Vamos a ver… yo le voy a contestar en base a mi experiencia desde que llevo utilizando la versión portable de Firefox, porque a usted puede que no le ocurra lo que a mi en el caso de que decida usted instalar la versión portable.
La respuesta corta y rápida sería que SI se actualiza sólo, pero esto hay que matizarlo.
Yo siempre descargo los programas portables desde su página oficial en la medida de lo posible, porque hay programas que en su página oficial ofrecen una versión portable, como por ejemplo el caso de Ccleaner, y hay otros que no, que solo traen la versión ejecutable o instalable (o como se llame). En este último caso recurro siempre en primer lugar (porque puede ser que no se encuentre tampoco) a PortableApps.com, que es, según tengo entendido, como la página oficial de los programas portables, la más fiable y/o conocida.
Teóricamente un programa portable, al no instalarse, no debe dejar datos en el registro, es decir, no deja rastro ni en el registro ni en el Disco raiz, pero esto es “teóricamente”… o al menos en mi caso, porque yo puedo demostrar que en mi caso SI DEJA RESTOS… ¿qué hay algo que yo haga mal al instalarlo o, si tuviera que ver, al configurarlo para que los deje?.. pues posíblemente, no le digo que no… pero yo creo que no.
A lo primero de instalar Firefox portable, durante los dos primeros años o dos años y medio (aprox), le puedo asegurar que solo dejaba 2 carpetas en Roaming o ProgramData (es que no me acuerdo bien ahora) y sólo cuando tenía Firefox abierto, en el momento que lo cerraba ya no quedaba nada, ni en el Disco C ni en el regedit.
No sabría decirle a partir de cual versión me empezó a ocurrir, porque quizás fuera una versión anterior a la que observé el cambió, pero empezó a ocurrirme 2 cosas.
Una es que al cerrar Firefox seguían las carpetas que aparecían con Firefox abierto (cosa que antes no ocurría) y la otra era que por mucho que yo configurara en las opciones de Firefox en “Buscar actualizaciones, pero permitirle elegir si instalarlas” (que se actualizara cuando yo quisiera) cuando cerraba y abría el navegador volvía a su configuración por defecto, cambiaba a “Instalar actualizaciones automáticamente (recomendado)”, es decir que se cambiaba solo.
No se la de “probaturas y experimentos” que hice para poder solucionarlo… nada funcionó
En resumen… según mi experiencia, si configuro Firefox en “Instalar actualizaciones automáticamente (recomendado)” no deja restos, pero si lo pongo en que se actualice cuando yo quiera, si los deja.
Si lo configura para que se actualice automáticamente, nada más que abra Firefox aparece una ventana en el centro con el proceso de descarga y actualización corriendo, después le pide reiniciar y listo. En esta opción no me deja restos ni cuando cierro Firefox ni cuando elimino la carpeta del portable.
Si lo configura para que actualice cuando usted quiera, al abrir Firefox, suele aparecer una ventanita (o aviso) sobre la esquina superior derecha idicándole que hay una nueva versión. Tambien puede entrar en Ayuda → Acerca de Firefox y comprobarlo por ahí. En esta opción si me deja restos, tanto al cerrar Firefox como al eliminar la carpeta del portable.
Como le dije al principio, puede que a usted esto no le pase, pero el riesgo está, ahora bien, si austed le da igual pues nada.
Si quiere usted más información sobre esto puede visitar el hilo que abrí en en este foro
En base a todo esto que le explico, le puedo asegurar que actualizarse automáticamente se actualiza… pero puede correr el riesgo de que le pase como a mi.
A pesar de todo amigo… NO CAMBIO Firefox por ningún otro navegador del mundo. Mucho, pero mucho… me tendría que ofrecer otro navegador para cambiarme.
Bueno amigo… saludos y buen Sábado 