Bien… pues lo primero que debes intentar conseguir @Rokupe es un mínimo del 15% de espacio libre sobre el TOTAL de tu disco duro.
Por lo tanto SI TU disco es de 1TB de capacidad TOTAL debes tener al menos 150GB libres en él, y eso es necesario para que el proceso de chequeo del disco duro CHKDSK(que ya te indicaré posteriormente como debes hacerlo) pueda realizar TODOS los pasos necesarios para completarse correctamente. 
El principal problema que TU tienes es que NO tienes acceso directo al disco y por lo tanto a la información que tienes en él, la única alternativa que puedes tener es intentar acceder a él desde un sistema operativo distinto a Windows y verificar si de esa manara puedes copiar y/o eliminar información en él para dejar el espacio libre necesario. 
Intenta realizar los pasos que se indican en esta guía 
¿Cómo puedo salvar mis archivos si en mi PC NO arranca el sistema? o ¿Cómo hacer un Livecd.? .
Como veras esos pasos están descritos para cuando NO tenemos acceso a Windows por problemas en el disco duro donde se ubica la instalación de Windows, pero son válidos igualmente para tu problema; para que puedas intentar simplemente acceder a los archivos de ese disco duro externo e intentar dejar el suficiente espacio libre en él.
Una vez que lo hayas conseguido nos lo comentas para seguir dándote indicaciones de como realizar correctamente el proceso de chequeo de tu disco duro o nos comentas SI tienes alguna duda en relación al tutorial.
Saludos.