Hola.
Pues… tampoco era una version excesivamente vieja, esa version se tenia o podía actualizar por si misma hasta la ultima(v4.1.2.73) sin necesidad de des-instalarla y volverla a instalar. 
Vas a usar las DOS 
Herramientas de desinstalación de Antivirus, AntiSpyware y Firewall, especificas para Malwarebytes que encontraras en ese enlace.
Usalas en orden, primero la que se indica para la V2 y luego la otra, cuando hagas cada proceso debes REINICIAR el equipo para usar la siguiente y volver a REINICIAR el equipo.
Cuando termines esos dos procesos/pasos descárgate desde aquí el instalador fuera de línea de Malwarebytes para Windows de versión 4, lo guardas en tu escritorio y lo ejecutas con boton derecho y “Ejecutar como Administrador.”
Si logras concluir correctamente la instalación REINICIAS el equipo y nos comentas.
Saludos.