La reparación del sistema intenta solucionar todos los errores que pudiera tener el sistema, usbs incluidos… Puede hacer una reparación del sistema con ese usb booteable, aunque yo reinstalaría sistema, siguiendo esta guía. Reinstalar no es una instalación nueva, lo que hace una reinstalación es sobreescribir, es decir conserva los archivos e instalaciones de programas, aunque siempre hay riesgos, y esto es usted quien los tiene que sopesar
También puede hacer una copia de seguridad de su sistema si todavía no la ha hecho, para posteriormente realizar una instalación, si finalmente decidiera hacerla
Cómo crear una copia de seguridad Win7
Si el error es solo con los puertos usb, pruebe lo siguiente:
Códigos de error en el Administrador de dispositivos de Windows
1- prueba ese solucionador de problemas de Microsoft
2- pruebe a reinstalar controladores desde la página oficial de su soporte
3- pruebe a actualizar su sistema a la última actualización (esto suele reparar este tipo de errores siempre y cuando el sistema esté en modo óptimo)
Intente recordar a partir de cuando surgió el problema, y desistale todo lo que lo pudiera haber provocado.
Saludos