VLC no reproduce en Windows, pero en Linux si

Hola a todos y saludos.

El motivo de mi tema es que tengo instalado VLC tanto en Windows 7 como en Lubuntu 16, pero tengo problemas para reproducir los archivos de video MKV generados por Jdownloader 2 cuando descarga de Youtube. Pasa absolutamente con todos los videos en este formato, pero en otros (como por ejemplo mp4) funciona correctamente. Los videos, siempre se ven a pantalla partida con muchos colores en casa una y el audio reproduciendose normalmente (habia subido una imagen pero la pagina no me deja publicarla).

Ahora cuando reproduzco los videos con el mismo VLC en Lubuntu, no presenta ningun problema salvo que en algun momento se corta el audio brevemente, cosa que es comun en el SO instalado en mi equipo ya que Gnome player tambien presenta el mismo problema y supongo sera por el driver grafico.

Espero puedan ayudarme, muchas gracias de antemano.

Saludos.

PD: No he probado con otro reproductor en Windows, el unico que tengo instalado es VLC y el WMP no redroduce MKV ya que nunca lo he actualizado.