Pues lo más directo para comprobar si el problema de su equipo es el disco duro es sustituirlo por otro. Como parece que no le es factible ahora conseguir un disco duro de otro equipo, la opción que le queda es comprar un disco duro nuevo.
Aunque se me ocurre utilizar un LiveCD para que inicie el equipo desde él. Estos CDs almacenan dentro una especie de sistema operativo y no requieren leer del disco duro. Sigue las instrucciones de la Guía para crear y usar un LiveCD de Linux.
Una vez inicies tu equipo desde este liveCD, comprueba si sigues oyendo esos ruidos o estos ya no se oyen o lo hace de forma menos frecuente.
Si esta prueba no es concluyente (ten en cuenta que en cuanto el disco duro recibe corriente eléctrica, el motor del disco va a estar siempre girando, a no ser que entre en suspensión) entonces te recomiendo que quites físicamente el disco e intentes iniciar de nuevo con el LiveCd.