hola @Menphisto, bienvenido al nuevo foro de infospyware 
Has realizado pasos muy acertados. Vamos a ver si puedo ayudarte. En principio si la lentitud continua tras un formateo y los discos muestran salud del 100%, se me ocurre que podría ser por:
- Problemas de temperatura
- Problemas de drivers
- Problemas en tu placa base
Dame información de tu equipo. ¿es u n sobremesa o un portatil?
Informe de IFS
Para poder ayudarte necesito información de tu PC. Haz lo siguiente:
Descarga desde la web El “virus de la policía” Latinoamericano! | InfoSpyware programa IFS (InfoSpywareFirstSteps) .
• Antes de usar esta herramienta tiene que deshabilitar tu antivirus:
• Cierra todos los programas que tengas abiertos.
• Ejecuta IFS.exe (Si usas Windows Vista/7 u 8 presiona clic derecho y selecciona "Ejecutar como Administrador.")
• Pulsar en el botón Analizar , y espera a que se realice el proceso. Puede tardar varios minutos.
• Al terminar se abrirá un informe, que debes enviarme de alguna forma. Por ejemplo, colgándolo de alguna nube tipo Dropbox o Google Drive.
• El informe también se puede encontrar en C:\IFS.log.
Informe de Aida64
Instale el Aida 64 desde Downloads | AIDA64. Desde AIDA64,
- clic derecho sobre el ítem Equipo
- seleccione la opción “Informe rápido”
- Seleccione “Texto sin formato” Nos pegas el reporte en su próxima respuesta (OJO, la parte [ Debug - PCI ] del informe no hace falta que la ponga)
Desconecta tus discos duros a excepción del disco duro del sistema operativo. Si tienes lectora óptica, también desconéctala. Previamente a hacer esto, debes apagar el equipo obviamente. Tras desconectar los dispositivos, vuelve a encender el Pc y comprueba que tal va.
Muy Importante: envuelve cada uno de los informes con una etiqueta 
escrita al inicio del informe y otra como este 
al final del mismo. El texto a incluir debe encontrarse en líneas diferentes a las etiquetas.
Ejemplo
