Antes de dar por cerrado el tema quería preguntar algo más y de paso sacar algunas dudas de que no fue nada malo @Mongohurelio Para mi que no es nada malo, simplemente alguna opción que agregó o ahora esté activado por defecto el update
Por lo general (y habiendo conocido que esto causa ciertos inconvenientes no dañinos en los dual boot)
Podría ser que en GhostBSD tengas activada la hibernación, por lo que al quedar en ese estado al apagar el equipo, le bloquea el acceso a esa partición a Windows