Hola, buenas @negrosorolla perdona que haya tardado en responder. La vida que se me complica exponencialmente… bueno… vamos al lío.
Solo era necesario el log de _Windows_Repair_Log.txt
Todas las reparaciones que se tenían que realizarse se han realizado correctamente. 
Como en tu caso es un disco duro mecánico HDD, este sí que debe de ser desfragmentado. Para ello haz lo que se indica en esta guía: ¿Como Desfragmentar el/los Discos y Particiones?
Comentas como funciona en general tu ordenador respecto al problema inicial planteado.
Salu2.