Compilar FFMPEG para Ubuntu desde Windows

Hola buen día amigos. He estado dando vueltas y necesito compilar Ffmpeg (ya que hice unas modificaciones) para Ubuntu. La pregunta que tengo es que si puedo hacer esa compilación desde Windows?

Espero puedan ayudarme, me urge levantar un servidor en Linux y yo solo había trabajado en servers Windows, donde tengo mi Ffmpeg modificado.

Debes de hacerlo en el servidor con Ubuntu.