Hola.
Te posicionas en el Explorador de archivos sobre el disco/unidad a comprobar y pulsamos botón derecho para seleccionar la opción Propiedades y cuando aparezca esta pantalla :
Pulsas en la pestaña Herramientas luego en Comprobar y cuando salga la otra ventana pulsas en Examinar y reparar unidad.
Dejas/Esperas a que el proceso termine completamente y con esos pasos deberá realizar la reparacion del disco y sus ficheros.
Que se vayan a borrar “cosas” 
NO debería ocurrir… pero como aquí NINGUNO
somos adivinos NO te vamos a asegurar lo que desconocemos. 
Por regla general NO deberían borrarse “cosas” pero TODO eso dependerá de muchos factores, estado físico del disco, de sus zonas/sectores, de como se encuentran los índices de archivos/carpetas del espacio libre que tengas en el disco duro, para que se puedan realizar TODOS los pasos que tiene que hacer el proceso para RECUPERAR la información que pueda existir en el disco y estuviese dañada. 
Saludos.