Los puedes ejecutar perfectamente aunque ya resuelto el problema no tendría mucho caso. Ya dependería si tienes algún otro problema.
Bueno no creo que sea precisamente el caso. Más un error causado por la basura o alguna infección. Los ataques hoy en día buscan controlar PCs no tanto aislarlos o dañarlos.
En cuanto al escaneo con Malwarebytes realizaste un analisis de amenazas, pero mi compañero habría recomendado uno personalizado. Te dejo un enlace del manual que podría ayudar en ese aspecto: Análisis personalizado.
Fuera de hacer el escaneo personalizado para revisar que este en orden no se si resten dudas/problemas.
Saludos