Para que quieres desinstalar Malwarebytes…??
Si sigues con problemas creo que NO es por infecciones, que tampoco parece que tuvieras tantas…??
O es problema de defecto en disco o de corrupción del sistema operativo…??
Al hacer el proceso del CHKDSK te salio una pantalla al inicio como esta :
Cuanto tiempo estuviste viendo esa pantalla…??
Busca el informe de ese proceso para poder analizarlo, te puse las indicaciones anteriormente para buscarlo.
Saludos.