Hola. 
Claro… por eso te tardaba tanto tiempo… TRES DISCOS y casi 2 millones de archivos analizados. 
Que el proceso durase justo al REINICIAR el equipo es absolutamente normal, el proceso tenía que hacer MUCHÍSIMAS “cosas” para eliminar TODAS esas infecciones que tenias. 
Que las infecciones se queden en la cuarentena es lo lógico, cuando están en cuarentena NO afectan para nada en nuestros equipos y además se quedan en ella por precaución, una vez comprobado que el equipo NO tiene ningún problema se pueden eliminar de la cuarentena; eliminarlos de manera rapida podria generar algun problema que luego NO se pudiese recuperar, como YA eliminaste todo lo que habia en ella YA no hay remedio. 
Yo te aconsejaria(por la cantidad de infecciones que tenias) que volvieses a realizar los pasos que te dejo a continuación y en el orden que te indico, cuando pases Malwarebytes de nuevo hazlo únicamente de la unidad C: y aquellas herramientas que YA hubieras instalado NO hace falta que las vuelvas a descargar y/o instalar… pero SI usar. 
Para revisar tu máquina, sigue estos pasos, en el orden indicado y leyendo todo lo explicado.
Desactiva temporalmente el Antivirus 
Cómo deshabilitar temporalmente su Antivirus, mientras estemos realizando TODOS los pasos.
Vamos a descargar en TU ESCRITORIO(y NO en otro lugar 
) todas las herramientas que vamos a utilizar en este procedimiento (pero no las ejecutes todavía) :
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Malwarebytes’ Anti-Malware + Manual.
revisa en detalle el manual, para que sepas usarlo y configurarlo correctamente. -
Farbar Recovery Scan Tool. seleccionando la versión adecuada para la arquitectura(32 o 64bits) de tu equipo.
Como saber si Mi Windows es de 32 o 64 Bits ?.
Ejecutas las herramientas de una en una y en el orden indicado :
CCleaner.-
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Instalas y Ejecutas CCleaner siguiendo los pasos indicados en el manual.
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Úsalo primero en su opción de Limpiador para borrar cookies, temporales de Internet y todos los archivos que te muestre como obsoletos.
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Después usa su opción de Registro para limpiar todo el registro de Windows(haciendo copia de seguridad).
Malwarebytes.-
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Instalas y Ejecutas MBAM siguiendo los pasos indicados en el manual.
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Realiza un Análisis Personalizado.
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Seleccionando TODOS a Cuarentena para enviarlo a la cuarentena y Reinicias el sistema.
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En el apartado del programa
Historial de detecciones 
encontrarás el informe de MBAM, que debes copiar y pegar en tu próxima respuesta, para poder analizarlo.
AdwCleaner.-
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Ejecuta Adwcleaner.exe.
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Pulsamos en el botón Analizar ahora, y espera a que se realice el proceso, inmediatamente pulsa siempre sobre el botón Iniciar Reparación.
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Espera a que se complete y sigue las instrucciones, si te pidiera Reiniciar el sistema Aceptas.
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El log/informe lo encontramos en la pestaña “Informes”, volviendo a abrir el programa si fuese necesario, para poder copiarlo y pegarlo en tu próxima respuesta.
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El informe también se puede encontrar en C:\AdwCleaner\Logs\AdwCleaner[C00].txt
Junkware Removal Tool.-
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Ejecuta JRT.exe.
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Y pulsar cualquier tecla para continuar, esperar pacientemente a que termine el proceso.
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Si en algún momento te pide Reiniciar hazlo.
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Al finalizar, un registro/informe (JRT.txt) se guardara en el escritorio y se abrirá automáticamente.
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Copia y pega el contenido de JRT.txt en tu próxima respuesta.
Farbar Recovery Scan Tool.-
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Ejecuta FRST.exe.
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En el mensaje de la ventana del Disclaimer/Responsabilidad, pulsamos Sí/Yes
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En la ventana principal pulsamos en el botón Analizar/Scan y esperamos a que concluya el proceso.
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Se abrirán dos(2) archivos(Logs), Frst.txt y Addition.txt, estos quedaran grabados en el escritorio.
Poner los informes en tu próxima respuesta de :
- Malwarebytes, AdwCleaner, JRT, FRST + Addition.txt, y en ese orden.
Debes copiarlos y pegarlos con todo su contenido y usaras varios mensajes si recibes un mensaje de error indicando que es muy largo(más de 64.000 caracteres aprox.).
Y nos cuentas como funciona tu equipo en relación al problema planteado.
Saludos.