Buenos dias Miguel. Tuviste razón y me decanté por “cortar por lo sano”: Hice un borrado total de datos del pendrive, test “arranca pescuezo” de superficie -sin encontrar estructuras dañadas- y particionado. Después de esto, usé la memoria para copiar datos, transferir en otro ordenador y viceversa, borrado, vuelta a hacer las pruebas, y a las 24 horas no han aparecido los dichosos fallos de carpetas ó datos. Y para curarme en salud, usé otra memoria idéntica y repetí las pruebas por si hubiera alguna “sorpresa” proveniente del pc de marras. Nada, algo estaba fallando en el pendrive y solo eso. Por ahora funciona bien, pero el problema que produjo es un síntoma de que esté probablemente tocado, así que lo tendré muy en cuenta -por si acaso-
De nuevo, muchísimas gracias por la ayuda en la solución del problema -y como es usual- por la rapidez y la profesionalidad que demuestran…un saludo para ti y para todo el staff 
cerramos el caso, ok?