Hola.
Bien… pues vas a utilizar las DOS 
Herramientas de desinstalación de Antivirus, AntiSpyware y Firewall , que encontraras para desinstalar correctamente Malwarebytes.
Usalas de una en una, primero la especifica de la version 2(Mbam-clean(v2).exe) y despues de haber REINICIADO usas la de version 3(MB-Clean.exe).
Tras Realizar un nuevo REINICIO descargas nueva version desde el enlace Malwarebytes AntiMalware | InfoSpyware.
Nos comentas.
Saludos.