Hola.
Lo lamento, pero tu explicación de lo que ves o no ves me resulta bastante confusa.
Ademas una vez ejecutado Delfix y habiendo marcado TODAS las opciones(como parece que hiciste) te deben quedar las carpetas/archivos y demás cuestiones, exactamente igual que las tuvieras anteriormente de haber realizado algún paso con las herramientas usadas. 
Ante de nada revisa estos pasos para verificar que tengas esas opciones como deberían 
Ver archivos ocultos en todos los Windows , pero justo al revés de lo que ahí se indica.
Saludos.