Bueno, eso es lo primero que te he respondido en la respuesta.
no hay ningún problema y además tendrás que hacer las exclusiones para evitar cualquier mínimo inconveniente. yo he probado en Malwarebytes con la mayoría de los antivirus y no he tenido nunca ningún problema. algún caso a veces por alguna actualización de alguno de los productos que puede surgir un conflicto que normalmente es arreglado en muy pocas horas.
Malwarebytes al estar destinado a complementar a los antivirus está diseñado para trabajar junto a ellos y no interferir en las detenciones o es la forma de detectar las amenazas es completamente diferente a la de los antivirus. es que el antivirus está analizando todo lo que entra y se mueve en el ordenador ,Malwarebytes solo detecta cuando aquel malware se ejecuta en el ordenador no cuando lo descargas,así que solamente si el antivirus no ha detectado en la infección Malwarebytes podría actuar como segunda capa