Hola, buenas @alkro perdona que haya tardado tanto en responder. La vida que se me complica exponencialmente… bueno… vamos al lío.
Ha detectado algunos problemas en el sistema operativo, pero las reparaciones se han realizado correctamente 
Ok.
Como en tu caso es un disco duro mecánico HDD, este sí que debe de ser desfragmentado. Para ello haz lo que se indica en esta guía: ¿Como Desfragmentar el/los Discos y Particiones?
Comentas como funciona en general tu ordenador respecto al problema inicial planteado y como ha ido la desfragmentación del disco HDD.
Salu2.