Hola @javisansegundo
Si te ocurre en el mismo ordenador con ambas unidades de almacenamiento usb, intenta probar lo siguiente.
Para Win 10 intenta con el comando attrib del siguiente modo
1- Conecta la unidad usb del problema
2- Pulsa la combinación de teclas Win+X, selecciona símbolo del sistema (como administrador)
En la consola o CMD escribe la siguiente secuencia cambiando la letra de unidad f por la que corresponda a su unidad usb:
Y pulse Enter
Este comando lo que hace realmente es activar el que se muestren los archivos ocultos, pero si lo tiene así en las opciones de la carpeta se deberían mostrar igual
Si dice que ya ha salvado los archivos sería conveniente pasar algunas herramientas de desinfección por si acaso en el pc donde sospecha que tiene los problemas. Haga los pasos del 1 al 8 de la siguiente guía
Saludos y nos comenta si se le detecta alguna infección…