Nos alegramos que se haya resuelto el problema 
A que te refieres con Pop-ups? Te refiere a lo que esta dentro de la Cuarentena de MalwareBytes/AdwCleaner o a Aulogics y/o Navegadores?
Si te refieres a la Cuarentena, son archivos que detectaron los programas, y mientras dentro de la Cuarentena, no tendrás problemas, ya que están aislados del sistema.
Te recomiendo usar AdwCleaner y MalwareBytes cada 3-4 semanas para verificar que el sistema este libre de virus.
Y utilizar el Liberador de Espacio en Disco(manual), CCleaner(manual), y el Desfragmentador(manual) cada 3-4 meses.
Si no te queda mas dudas, nos comentas para cerrar y dar por Solucionado el tema.
Saludos.